در بُعد اختلافات داخلی، نوع تعامل بنیدر بُعد اختلافات داخلی، نوع تعامل بنی صدر با دو قوه دیگر، یعنی قوه مقننه و قضائیه و حتی ارتباط با زیرمجموعه قوه مجریه یعنی نخست وزیر و وزرا بسیار خصمانه است. روابط رئیس جمهور بعد از شکست تلاش های گسترده‌اش برای تشکیل یک مجلس هماهنگ با خود، همواه با نمایندگان مجلس تیره بود تا آنجا که حتی مصوبات مجلس را برای اجراء امضاء و ابلاغ نمیکرد و قوه مقننه را مجبور ساخت با تصویب طرحی، مهلت پنج روزه‌ای را برای رئیس جمهور تعیین کند. در مورد قوه قضائیه حملات به شهید بهشیتی و دیگر مسئولان قضایی آن دورن ما را بی نیاز از پرداختن به آن میکند.


 وی حتی در جریان انتخاب شهید رجایی به نخست وزیری به ارسال نامه ای خطاب به وی تلاش کرد چنین القا کند که این انتخاب به او تحمیل شده است.(1) چند روز بهد هم برای اینکه از اعمال دولت علام برائت کند، در دیدار عمومی با مردم عنوان کرد: «اگر دیدم که این دولت خط مرا ندارد و مردم هم از من خواستند، خوب من باید به مردم بگویم که این دولت، دولت من نیست؛ بنابراین من ابزار کار ندارم که شما از من چیزی بخواهید.»(2)


 (1) چگونگی انتخاب اولین رئیس جمهور، کیومرث صابری، نامه مورخه 1359/5/29

 (2) روزنامه انقلاب اسلامی، 1359/6/3